Богоявленский мужской монастырь, крупнейший в Костроме, был основан в день Богоявления Господня в 1426 г. на реке Суде, неподалеку от центра города - Костромского кремля. Его строителем и первым игуменом летопись называет преподобного Никиту - «сродника и ученика» преподобного Сергия Радонежского.
Долгое время здания монастыря оставались деревянными. Каменный пятиглавый Богоявленский собор построен в 1559-1565 гг. при царе Иоанне IV, Грозном, по благословению святителя Макария, митрополита Московского. В конце декабря 1608 г., когда Кострома оказалась в руках польских интервентов, иноки Богоявленского монастыря решили скорее пожертвовать своей жизнью, чем покориться захватчикам. Лишь после осады и штурма монастырь был захвачен и разграблен. 11 его иноков приняли мученическую смерть.

В XVII веке в монастыре начинают возводить каменые здания. Деньги на строительство прислали многие, но главными жертвователями были: бояре Салтыковы, мать царя Михаила - инокиня Марфа, его отец - Патриарх Филарет. Жертвовали на монастырь и другие Московские Патриархи. В 1610 г. была воздвигнута каменная церковь во имя святого Иоанна Богослова, которую освятил Патриарх Гермоген - будущий священномученик. В начале XVII в. к Богоявленскому собору были пристроены каменные галереи, затем воздвигнуты Трехсвятительская и Сретенская церкви, звонница с приделом в честь преподобного Сергия Радонежского - в нижнем ее ярусе, и церковь в честь святителей Михаила, Петра и Ионы - над Святыми вратами обители. Особенно благоукрасился монастырь при игумене Герасиме. С 1642 по 1672 г. возводил он каменные здания. Монастырь был обнесён каменной стеной 7-метровой высоты. и приобрёл вид крепости. Над стеной возвышались шесть башен: 4 - угловые и 2 - надвратные. К этому же времени относится и написание на стене юго-западной башни Смоленской иконы Божией Матери, чудесно сохранившейся во время пожара 1773 г., после чего и началось её особое почитание. Здесь сначала была построена деревянная часовня, а в 1824 г. архимандритом Макарием Глухаревым на средства костромского гражданина Ф. М. Обрядчикова возведена небольшая церковь, названная в народе «Смоленская часовня».

В кон. XVIII в. и в перв. пол. XIX в. Богоявленский монастырь переживал упадок. Сокращалось число братии, здания пустовали. С 1779 г. сюда были помещены все присутственные места города, которые находились здесь до 1809 г. В 1814 г. в монастырь была переведена Духовная семинария.

Пожар, истребивший в сентябре 1847 г. почти половину Костромы, не пощадил и Богоявленский монастырь, превратив его в развалины. Монастырь был закрыт. Городские власти в течение 16 лет продавали кирпич из развалин для строительства частных зданий, щебень же отдавали бесплатно - для мощения улиц. Были разобраны Сретенская и Трехсвятительская церкви, паперти Богоявленского собора, звонница, почти все жилые и хозяйственные постройки, часть стен. К 1864 г. монастырь перестал существовать.

В 1863 г. игуменья Мария, вступившая в управление женским Анастасииным Крестовоздвиженским монастырем, подала прошение о передаче ей бывшего Богоявленского монастыря с условием его восстановления.

Монастырь становится девичьим, и к прежнему названию добавилось слово Анастасиин. Анастасия - с древнегреческого - означает воскресение. Возрождая монастырь, игумения Мария отстроила его заново. При расширении Богоявленского собора к нему были сделаны три новые пристройки - с западной, южной и северной сторон, сам же древний собор был превращён в алтарь. Была устроена каменная галерея, соединившая собор со Святыми вратами под колокольней. Обновленный собор был торжественно освящён 28 дек. 1869 г. В 1867 г. в усыпальнице была устроена небольшая церковь во имя святого великомученика Никиты и преподобного Сергия Радонежского. Возрожден был и Никольский храм.

После пожара 1847 г. чудотворная икона Смоленской Божией Матери вновь дивным образом сохранилась без повреждения, хотя сама Смоленская церковь и выгорела дотла. После этого почитание сей святыни еще более усилилось. После пожара Смоленская церковь была возобновлена на средства Платона Васильевича Голубкова, уроженца Костромы, и значительно перестроена в 1892 г.

Была восстановлена местами почти полностью разрушенная монастырская стена. Западная башня над Святыми вратами была перестроена в звонницу. В 1871 г. к уцелевшему остатку стены с древним изображением лика святителя Николая, особо почитаемого, была пристроена деревянная часовня, замененная в 1892 г. каменной.

Было возведено 3 жилых корпуса для сестёр и настоятельский корпус, а также - 2-этажный, с подвалом - Трапезный корпус, в котором помимо трапезной палаты разместились хозяйственные помещения, живописная и швейная мастерские. Несколько позже к западной стене Смоленской церкви были пристроены два корпуса - казначейский и больничный. Все здания были построены с большим архитектурным вкусом.

Одновременно производился ремонт старых зданий и велось строительство новых в Анастасиино-Крестовоздвиженском монастыре на территории Костромского кремля. Монастырь этот игумения Мария предназначила для учебно-благотворительных целей, переместив большую часть инокинь в Богоявленско-Анастасиин монастырь. Прежде всего здесь она устроила училище для девочек, из которых готовили сельских учительниц. А в 1873 г. в Анастасиино-Крестовоздвиженском монастыре была устроена первая лечебница для народа, в училище стали готовить ещё и сестёр милосердия.

Несколько сестер Богоявленско-Анастасиина монастыря во главе с монахиней Варварой в 1891 г. основали  в Эстонии монастырь с благотворительными учреждениями: бесплатной лечебницей, аптекой и приютом для девочек-сирот. Пюхтицкий монастырь, первой игуменией которого стала матушка Варвара, был центром распространения Православия в Эстонии.

В 1887 г. пожар в очередной раз причинил большой урон монастырю. Игумения Мария вновь восстановила его. Однако вскоре она заболела и умерла (29 янв. 1889 г.). В дальнейшем монастырем управляли еще 3 игумении: Евпраксия, Анна и Сусанна.

После революции Богоявленско-Анастасиин монастырь был закрыт и началось его великое разорение. Богоявленский собор, Смоленская церковь и звонница были отданы под хранилища Костромского государственного архива, располагавшегося здесь до пожара 16 авг. 1982 г., в котором погибли дивные фрески собора.

Возрождать Костромскую обитель было суждено посланницам Пюхтицкого монастыря. В марте 1991 г. по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II для восстановления монастыря была направлена монахиня Иннокентия, ставшая игуменией.

17 августа 1991 г. был освящён Богоявленский собор, ставший кафедральным собором города. На следующий день сюда с 10-тысячным крестным ходом была перенесена из Воскресенского храма главная святыня Костромы - Феодоровская чудотворная икона Божией Матери, которой инокиня Марфа благословила на царство своего юного сына царя Михаила. Некоторое время спустя в собор были помещены и другие святыни - крест-мощевик с частицами мощей 400 святых и рака с мощами преподобного Макария Писемского.

Возрождается прежняя традиция совершать крестный ход с чудотворной Феодоровской иконой через весь город, на который 16/29 авг. собираются более 10 тыс. людей из разных областей и весей.

В монастыре в настоящее время 2 действующих храма: Богоявленский собор и Смоленская церковь (с древним, широко почитаемым образом Божией Матери Смоленской на стене). Возрождается третий храм - в крипте Богоявленского собора, храм в честь основателя монастыря преподобного Никиты, его учителя преподобного Сергия Радонежского и великомученика Никиты. Созданы детский приют на 30 детей-сирот и богадельня для престарелых и инвалидов (40 человек). Для паломников имеется гостиница.

В настоящее время в монастыре подвизается 100 сестер. Под покровом Божией Матери проходит монашеская жизнь в обители, освящённая вековыми молитвами, иноческими подвигами и кровью преподобномучеников, положивших жизнь свою за веру православную и Отечество.